A malária é a doença parasitária mais importante que causa óbitos, sofrimento e perdas sociais em seres humanos. O perfil epidemiológico deste agravo nos povos indígenas do Brasil ainda é pouco conhecido devido à escassez de estudos. A doença está concentrada ao Norte do país, na região Amazônica, onde as condições climáticas e ambientais são propícias para o estabelecimento da malária. Contudo, podem ser encontradas características diferentes na incidência desse agravo de acordo com a etnia, ou até mesmo entre uma mesma etnia. Esse trabalho objetivou descrever os dados epidemiológicos da malária de acordo com o gênero, faixa etária, etiologia e ano em uma comunidade indígena e comparar com a população não indígena da mesma região. Foi efetuada a análise com abordagem quantitativa, através de um estudo descritivo no período 2004 a 2008, e realizada comparação com a população não indígena da mesma região. A coleta de dados foi feita por meio do Sistema de Informação de Vigilância Epidemiológica (SIVEP-Malária). Os dados foram analisados através do programa Excel versão 2010. Durante o período de estudo foram notificados 4.356 casos de malária em indígenas residentes na região do Alto Rio Juruá e 229.309 em indivíduos não indígenas. Destes, prevalecem o sexo masculino, 57,40% em índios e 55,20% em não índios. O ano de maior incidência foi 2006, com Incidência Parasitária Anual (IPA) de 442,15 em não indígenas e 133,42 em índios. O grupo etário mais acometido na população indígena foi o de 20 a 29 anos, com 620 casos, seguido pelo grupo de 1 a 4 anos, com 592 casos. Na população não indígena houve concentração dos casos na faixa etária de 20 a 29 anos, com 16.893 casos, seguido pelo grupo de 5 a 9 anos, com 14.757 casos. Em relação à espécie parasitária o P.vivax imperou em ambas as populações com 73,2 % das notificações seguido pelo P. falciparum 25,8 % e P.f+P.v 1%. O presente estudo avalia que a malária constitui-se um grave problema de saúde pública no Alto Rio Juruá e especificamente entre os indígenas e que para reverter e/ou atenuar esse panorama atual faz-se necessário o conhecimento da epidemiologia precisa sobre essa problemática, para norteamento na tomada de decisões pelo poder público e sociedade em geral no combate e controle da malária, contribuindo em ultima analise com a qualidade de vida dos povos indígenas que lutam pelo resgate e conservação de uma cultura milenar.