Introdução – O Departamento Nacional de DST, Aids e Hepatites Virais, deixa a cargo da gestão estadual a implantação/implementação do protocolo para atendimento de vítimas de acidentes com materiais biológicos, cabendo a essa a elaboração e implantação nos serviços de referência. Por meio deste instrumento é possível uma padronização no atendimento a essas vítimas, conforme normas estabelecidas a nível nacional, bem como uma organização do fluxo dos serviços, permitindo ao acidentado um atendimento mais ágil para prevenção de possíveis infecções, como o HIV e as Hepatites Virais. Objetivo - Relatar as experiências vivenciadas na elaboração e implantação do protocolo para atendimento de vítimas com material biológico. Metodologia – Trata-se de um relato de experiência da elaboração e implantação do protocolo de atendimento a vítimas com materiais biológicos. No primeiro momento foram realizadas reuniões, pelo menos uma vez por mês, com os profissionais das seguintes áreas, DST/HIV/Aids, Hepatites Virais e Saúde do Trabalhador, no período de dezembro 2008 a julho de 2009, para elaboração do protocolo. Posteriormente foram realizadas duas capacitações, no período de agosto e novembro de 2009, com os profissionais de saúde dos municípios de Palmas e Paraíso do Tocantins, a fim de implantação do protocolo, nos Hospitais de Referência do Estado. Resultados – Nessas primeiras capacitações não foi possível uma implantação imediata do protocolo nos hospitais. Contudo, nessa fase inicial, aconteceu uma sensibilização dos profissionais acerca da importância da implantação do protocolo. Foram detectadas e relatadas pelos profissionais algumas dificuldades para implantação como, falta de capacitação no manuseio com esses pacientes, deficiência na referência e contra-referência das vítimas e imparcialidade dos responsáveis pelas instituições para implantação do protocolo. Conclusão – Torna-se necessário um trabalho mais de perto tanto com os profissionais quanto aos responsáveis pelos serviços. Para tanto, é de extrema relevância a continuidade das capacitações, a fim de habilitar os profissionais de saúde para uma melhor condução do atendimento as vítimas com materiais biológicos e ainda, promover maior sensibilização com os responsáveis pelas instituições, apontando a importância e as vantagens da implantação do protocolo, cujo foco principal é a melhoria do atendimento a essas vítimas e consequentemente, a reorganização e qualidade dos serviços.