Introdução: O SUS, regido pelos princípios de universalidade, eqüidade, integralidade, descentralização, regionalização e hierarquização, propõe estratégias como a divisão do atendimento em três níveis de atenção: primário, secundário e terciário. A adoção dessa estratégia incute o nível primário como responsável pela resolução da maioria dos problemas de saúde da população. Entretanto, somente este ponto não é capaz de atender a toda demanda, sendo necessário articulação entre diferentes níveis para garantia de acesso universal ao usuário. Um instrumento utilizado para tal concretização é o sistema de referência e contra-referência, sendo aquele o fluxo de usuários do nível menor para o de maior complexidade e este a realização do fluxo inverso. Diante de sua importância, as falhas encontradas neste sistema tornam-se cruciais para funcionamento do SUS. Objetivos: Relacionar falhas do sistema de referência e contra-referência com problemas encontrados no SUS. Metodologia: Revisão bibliográfica; Observação do funcionamento do sistema em Centros de Saúde e em Hospital Universitário da cidade de Belo Horizonte. Resultados: Os problemas deste sistema incluem erros no preenchimento da guia de referência, que geram uso inadequado de vagas de especialidades, aumento de custos para o sistema e dificuldades de integração entre serviços da rede e falhas na consolidação formal da contra-referência, dificultando a continuidade da assistência. Tais lacunas comprometem consolidação dos princípios de regionalização, hierarquização e, principalmente, de integralidade, desde que este seja visto sob perspectiva que inclua garantia de acesso a todos os níveis do sistema. Conclusão: O SUS possui o fluxo de referência e contra-referência como ponto que necessita de reformulação para sua real consolidação. Tal sistema não poderá suprir todas as insuficiências da rede, mas sua reorganização trará vantagens para todo sistema de saúde do país.