Introdução: Na saúde pública brasileira, a Resolução nº 7 de 2016 define Prontuário Eletrônico do Paciente (PEP) como sistema formal para registrar ações realizadas na atenção básica. Segundo a resolução, o PEP é um repositório eletrônico que armazena informações de saúde, clínicas e administrativas dos pacientes. Integrado ao sistema e-SUS Atenção Básica, o PEP é utilizado nas Unidades Básicas de Saúde para informatizar o armazenamento, recuperação e análise das informações clínicas e administrativas dos pacientes. Objetivo: Investigar os principais desafios e benefícios associados à implementação do PEP em serviços de saúde. Metodologia: Trata-se de uma revisão bibliográfica com abordagem qualitativa e caráter descritivo, conduzida na Biblioteca Virtual de Saúde (BVS), nas bases de dados LILACS e MEDLINE. Foram utilizados os descritores registros médicos, registros eletrônicos de saúde, associados às palavras vantagens e desvantagens, que, embora não sejam descritores específicos, facilitaram a busca por artigos na temática estabelecida. A estratégia utilizada para a busca dos artigos foi: "Registros Médicos AND Vantagens AND Desvantagens AND Registros Eletrônicos de Saúde. Os artigos selecionados foram analisados qualitativamente para identificar padrões e temas comuns relacionados aos desafios e benefícios do PEP. Resultados: Os principais desafios incluem a resistência à mudança por parte dos profissionais, a necessidade de treinamento adequado e questões técnicas relacionadas à integração do sistema com outras ferramentas. Também são mencionadas a ocorrência de falhas que podem deixar o sistema inoperante e a necessidade de investimentos em hardware e software. Por outro lado, os benefícios mais frequentemente citados são a melhoria na precisão dos registros, o acesso rápido às informações dos pacientes e a otimização dos processos administrativos. Além disso, há uma redução significativa dos erros de medicação, otimização da dispensação de produtos, melhorias na qualidade da documentação e criação de uma base de dados epidemiológicos. A análise revela que, apesar das dificuldades iniciais, a implementação do PEP contribui significativamente para a eficiência e qualidade do atendimento. Considerações finais: A implementação do PEP melhora a precisão dos registros e a eficiência administrativa. Apesar dos desafios, o suporte contínuo e o treinamento adequado são essenciais para melhorar a qualidade do atendimento e gestão das Unidades de saúde.