INTRODUÇÃO: Nas últimas décadas com a criação do Sistema Único de Saúde, houve uma mudança nas relações entre a equipe multiprofissional com busca pela troca de saber de forma efetiva e significativa e da valorização de saberes distintos, com o fim de superar os desafios complexos da saúde de usuários e comunidade. OBJETIVOS: Descrever os desafios enfrentados pelos residentes de um Programa de Residência Multiprofissional em um hospital de Mato Grosso. MÉTODOS: Este relato baseia-se em uma análise reflexiva das experiências vivenciadas por duas enfermeiras e uma psicóloga vinculadas ao Programa de Residência Multiprofissional em Saúde do Adulto e Idoso da Universidade Federal de Rondonópolis, em um hospital de referência de Mato Grosso. As atividades desenvolvidas incluíam matriciamento semanal com os residentes, participação ativa na equipe multiprofissional hospitalar e assistência a pacientes e familiares. RESULTADOS: Os desafios que prejudicam a interdisciplinaridade são: a falta de conhecimentos dos profissionais sobre conceitos importantes, como executar as suas trocas de saberes, e formular os planos terapêuticos; a fragmentação da assistência, na qual cada profissional abordava suas condutas individuais; como também a centralidade do conhecimento do profissional médico, pautado no modelo biomédico, já apontado como ineficaz para solução das complexidades do sistema de saúde; a necessidade da educação para embasamento técnico-científico; e por fim, a falta de regimento sobre a ética, para permitir o respaldo do profissional nas discussões em equipe. DISCUSSÃO: Estudos atuais constatam que o materializar do trabalho interprofissional é um processo demorado, uma vez que, consiste na mudança de cultura institucional, processos sociais, históricos. É primordial o uso da educação com todas suas facetas, ou seja, não deve estar contida somente no ensino tradicional, pois precisa transcender as relações, para proporcionar reflexões robustas do fazer saúde, entendendo o paciente como o centro do cuidado e um ser integral. Para além, as mudanças nos ambientes acadêmicos são necessárias, como das esferas de gestão hospitalar, fomentando ações interdisciplinares. CONCLUSÃO: Conclui-se que é importante promover espaços de discussão da interprofissionalidade, de modo a viabilizar a mudança da cultura institucional, como também em ambientes de gestão e acadêmicos, com o fim de superar desafios e adquirir robustez nas decisões da equipe multiprofissional.