INTRODUÇÃO: A microbiota intestinal humana é composta por diversos microrganismos essenciais para modulação da saúde, atuando nos sistemas corporais inclusive o Sistema Nervoso Central, através do eixo encéfalo-intestino. O Transtorno do Espectro Autista (TEA) é uma condição neuropsiquiátrica complexa e multifatorial. Além disso, existem evidências da alteração na composição da microbiota intestinal de pacientes autistas e a possível relação dessa disbiose com os sintomas e comorbidades do TEA. OBJETIVO: Identificar as alterações na microbiota intestinal e suas manifestações em indivíduos com TEA. METODOLOGIA: Trata-se de uma revisão de literatura, realizada com o uso dos descritores “Transtorno do Espectro Autista”, “Microbioma Gastrointestinal” e “Eixo Encéfalo-Intestino”. As buscas foram feitas na plataforma: Biblioteca Virtual em Saúde (BVS) e no portal Pubmed, utilizando os operadores booleanos “AND”. Foram incluídos artigos publicados nos últimos 10 anos, nos idiomas: inglês, português e espanhol, de acesso aberto. Excluíram-se estudos de revisão, teóricos, cartas ao editor e editoriais. Foram analisados 8 estudos. RESULTADOS: Pessoas com TEA apresentam alterações na microbiota comparadas com indivíduos neurotípicos. Há diminuição na concentração de Bifidobacterium spp. que fermentam fibras dietéticas e fortalecem a barreira intestinal, e aumento de Bacterioides spp. que degradam polissacarídeos complexos que contribuem para a absorção de nutrientes e produção de vitaminas, e Prevotella spp. que degradam polissacarídeos não amiláceos. Isso desencadeia maior suscetibilidade a infecções gastrointestinais e respostas inflamatórias inadequadas (locais e sistêmicas) e produção de ácidos graxos. Essas alterações também causam aumento nos sintomas gastrointestinais (dor abdominal, vômito e diarreia), expressão de sintomas comportamentais (ansiedade, hiperatividade, queixas somáticas e estereotipias) e inflamação cerebral em pacientes com TEA. CONSIDERAÇÕES FINAIS: As variações na microbiota intestinal de pessoas com TEA comparadas com as neurotípicas, geram implicações orgânicas que variam desde sintomas fisiológicos até comportamentais. Assim, destaca-se a necessidade de mais estudos para compreender melhor a relação entre a disbiose intestinal e as manifestações clínicas do TEA, visando estratégias terapêuticas para a modulação da microbiota como uma abordagem complementar no manejo dessa condição neuropsiquiátrica complexa.