Objetivo: Descrever as prevalências das dificuldades com amamentação durante a internação em alojamento conjunto e sua relação com a prática alimentar na alta hospitalar. Método: Estudo transversal realizado a partir da coorte “Aleitamento materno na atenção neonatal e infantil de alta complexidade”, realizada entre Março de 2017 e Abril de 2018 em um hospital referência nacional para o alto risco fetal e infantil. Inicialmente, foram realizadas análises descritivas das características maternas e neonatais segundo as dificuldades na amamentação. Sequencialmente, foram estimadas as prevalências das dificuldades com amamentação segundo o tipo de prática alimentar na alta hospitalar. Por fim, verificou-se a relação entre o número de dificuldades com amamentação e o tipo de aleitamento materno na alta hospitalar. Em todas as análises aplicou-se o teste qui-quadrado. Resultados: Participaram do estudo 686 recém-nascidos e suas mães que estavam em alojamento conjunto. A prevalência de aleitamento materno exclusivo (AME) foi de 77,0% e 50,6% das nutrizes apresentaram alguma dificuldade com amamentação, sendo as mais prevalentes: pega, sucção, tipo de mamilo, dor ou fissuras mamilares e demora na descida do leite materno. Conclusão: Este estudo reforça a necessidade em promover o suporte precoce ao AME ainda no ambiente hospitalar, além de novas discussões, metodologias de assistência e capacitações voltadas para o fortalecimento do conhecimento e melhoria das taxas de AME durante e após internação.