A esquistossomose é um problema de saúde pública em áreas tropicais e subtropicais, principalmente em locais com fragilidades no saneamento básico e água potável. A subnotificação ocorre quando os casos não são registrados e podem ocorrer devido à falta de acesso aos serviços de saúde, diagnóstico tardio ou incorreto e ausência ou falha no carregamento de dados. Objetivou-se analisar a situação epidemiológica da esquistossomose humana no sul da Bahia nos anos de 2017 e 2019. Trata-se de um estudo longitudinal, descritivo, dos casos de esquistossomose nos distritos de Aritaguá, em 2017, e Olivença, em 2019, município de Ilhéus, sul da Bahia. Com a cooperação de lideranças representativas das comunidades, o critério de inclusão foi a entrega de consentimento por escrito e amostras fecais não diarréicas. Os participantes foram selecionados por conveniência para gerar dois protocolos. As amostras foram processadas pelo HPJ, método de sedimentação espontânea, e Kato-Katz (KK), ambos em duplicata, no Laboratório de Parasitologia da Universidade Estadual de Santa Cruz (LAPAR/UESC), e os laudos foram entregues durante as atividades de educação em saúde. Foi realizada coleta de dados nas plataformas SINAN e SISPCE, bem como nos bancos de dados de vigilância epidemiológica da Secretaria Municipal de Saúde de Ilhéus (SMS) e LAPAR, no período de 2007 a 2017. Os cálculos amostrais e de prevalência foram realizados pelo software Epi Info™ versão 7.2.6. Em Vila Juerana, 86 moradores participaram com idade entre 1 e 89 anos de 29 domicílios. A prevalência geral foi de 0,06 (5/86), correspondendo a 5,8%. Em Igalha, 51 moradores participaram com idades entre 1 e 85 anos, com dois casos positivos, correspondendo a 3,9%. Quando analisadas as notificações de casos de 2007 a 2017 disponíveis no SINAN, SISPCE, e no banco de dados da SMS, destacam-se discrepâncias quantitativas, sendo que em todos os anos analisados os dados não correspondiam. A notificação dos casos seria realizada via SISPCE e SINAN, porém não há compatibilidade com os casos conhecidos pela SMS. Sendo assim, Juerana representa um importante foco de transmissão em Ilhéus e a positividade de casos em Igalha destaca a necessidade da vigilância ativa. Apesar das limitações, esse estudo descreve inconsistências nos processos de notificação da vigilância epidemiológica do sul da Bahia, sendo necessário aumentar a capacidade operacional, ampliando a análise de dados, incluindo a consulta cruzada entre plataformas.