Atualmente, os Centros de Material e Esterilização trabalham, a depender do contexto hospitalar inserido, com alto avanço tecnológico. Isso leva a benefícios aos pacientes, pois contribuem para a segurança da assistência prestada, além de benefícios aos profissionais envolvidos no processo de esterilização. A limpeza é a etapa fundamental do PPS e consiste na remoção de todas as sujidades presentes em sua superfície, reentrâncias, articulações, lúmens e outros espaços internos, visando remover resíduos orgânicos e inorgânicos, como proteínas, sangue, biofilmes ou endotoxinas, para realizá-la o profissional de saúde faz ação mecânica friccionando com escovas específicas, utilizando solução de detergente enzimático, água corrente ou sob pressão. O objetivo deste estudo é analisar de forma comparativa, a eficácia do processo da limpeza manual versus automatizada, de instrumentais cirúrgicos de conformação não complexa através de teste de detecção de proteína em instrumentais cirúrgicos. Pesquisa do tipo quantitativa, de caráter observacional, aplicado de forma transversal. A amostra foi composta por 46 pinças, cada uma pertencente a uma caixa diferente, para um poder estatístico de 95%. O teste utilizado propõem resultados em ?g (micrograma), dos instrumentais que tiveram desfecho de 1?g 43,84% pertence ao grupo submetido por lavagem manual obtendo um resultado heterogêneo e, 73,91% ao grupo que passou por lavagem manual, apresentando uma característica homogênea, variando entre nível de limpeza e nível de atenção. A limpeza manual e automatizada é eficaz na unidade estudada, onde mesmo com infraestrutura precária, necessitando de reparos em paredes, pias, bancadas e ausência de água sob pressão para o processo de limpeza manual, o trabalho aplicado pelos profissionais em saúde, supervisionado pelos enfermeiros do setor é eficaz trazendo maior segurança ao paciente submetido aos procedimentos cirúrgicos. O teste se mostrou importante ferramenta para análise do processo de limpeza, porém não suficiente para validar o processo de limpeza do cenário. Entretanto, podemos considerar que os instrumentais analisados passaram pelo processo de limpeza de forma adequada. Destaca-se que tal assunto apresenta maior relevância no século atual, uma vez que a comunidade científica tem evoluído e desenvolvido técnicas e estratégias para garantir a segurança do paciente, melhora da assistência e preservação da vida, fazendo-se necessárias ações que garantam a qualidade.