Introdução: O Informatiza Atenção Primária à Saúde (APS) é uma estratégia do Ministério da Saúde, que foi instituída em 2019 pela Portaria nº 2.983, que propõe-se a apoiar a melhoria da informatização e da qualificação dos dados na APS e dos entes federativos. Objetivo: Relatar a experiência de gestores municipais sobre os desafios no processo de informatização da Atenção Primária. Metodologia: Trata-se de um relato de experiência, do tipo descritivo, realizado por profissionais de categorias e níveis de escolaridade diversos, atuantes na gestão da APS de um município do Estado do Ceará, no período de outubro de 2021 a junho de 2022. Resultados: O referido município compõe a 6ª Área Descentralizada de Saúde (ADS). Em outubro de 2021, fomos o primeiro município da regional a iniciar o processo de informatização, enfrentando como principal obstáculo a nível nacional para o avanço da sua implementação, a Pandemia de COVID-19. A nível municipal, nossos desafios foram evidenciados pela falta de estrutura física mínima nas unidades, tais como: energia elétrica incompatível com a quantidade de equipamentos utilizados, foi constatado que todas as unidades possuíam medidor monofásico, onde o ideal seria trifásico. O acesso a internet, inexistente em algumas unidades, por não haver cobertura dos serviços de internet disponíveis em algumas localidades do município. Inexistência e/ou falta de salas com materiais permanentes necessários para a real funcionalidade dos programas contemplados pelo informatiza APS. Outro destaque foi relacionado a equipe responsável pela montagem dos equipamentos, eles tiveram dificuldade no cumprimento dos cronogramas de instalação por não disporem de transporte próprio para o setor, equipe reduzida e mal dimensionada. Conclusões: Diante do exposto, ressaltamos que apesar da proposta de informatização da APS ser altamente relevante para a modernização e qualificação dos dados produzidos pelas equipes, a gestão municipal ainda enfrenta grandes desafios para que a implementação aconteça de forma efetiva, uma vez que vários dos problemas identificados não dependerem diretamente da mesma. Assim, evidenciamos a importância do trabalho em equipe e gestão compartilhada para a construção de um plano de trabalho com divisão de responsabilidades para sanar os problemas identificados.