Introdução: O Streptococcus pneumoniae é um agente potencialmente patogênico em crianças e, muitas vezes, o transmitem para adultos e idosos. Está associado à elevada taxa de morbimortalidade. Para que a doença ocorra, precisa ser precedida de colonização da nasofaringe. A implementação da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (PCV10) foi um grande avanço para a saúde brasileira reduzindo a doença pneumocócica invasiva (DPI). Atualmente, observa-se sorotipos vacinais sendo substituídos por não vacinais e não se conhece bem ao certo sua repercussão sobre a colonização e doença respiratória. Objetivo: Investigar a influência da colonização por Streptococcus pneumoniae em crianças vacinadas quanto a desfechos respiratórios em um ano de observação. Método: Estudo de coorte prospectivo, observacional, duplo-cego, com crianças de 18 a 59 meses. Foram elegíveis 228 crianças, com coleta de material de nasofaringe em “tempo zero”. Após perda de 1,3%, 225 completaram o acompanhamento, com entrevistas no “final do seguimento” e coleta de dados em prontuário (março/19 a outubro/20). Resultados: Observamos alta taxa de colonização (64,4%) e presença do sorotipo vacinal, o 6B (2,8% de colonizados). Ser do sexo masculino apresentou associação com colonização. Sorotipos não vacinais (SNV), não PCV10 não PCV13, foram encontrados em 57% da coorte colonizada, demonstrando a ocorrência de replacement. Verificamos que crianças colonizadas por pneumococo não apresentam risco aumentado para doenças respiratórias ou uso de antimicrobianos. A exceção foi observada apenas nos casos de colonização pelo sorotipo 6B, apresentando associação com pneumonia em crianças <2 anos, exibindo uma observação inédita. Conclusões: Portar ou não S. pneumoniae não influenciou a ocorrência de doença respiratória na população de crianças vacinadas, exceto pneumonia em crianças <2 anos, quando colonizadas pelo sorotipo 6B.