INTRODUÇÃO: A pandemia por COVID-19 impactou os diversos serviços de saúde, diminuindo o acesso e aumentando o risco de contaminação dos profissionais (SOUSA et al., 2021). Nesse contexto, também estão as Clínicas-escolas, que desenvolvem um papel importante para a formação de novos profissionais e para a saúde da população (FAM; FERREIRA NETO, 2019). Considerando o contexto de saúde mundial, foi necessário reorganizar os serviços ofertados por essas unidades de saúde de forma a garantir a continuidade das atividades de ensino, com atenção de qualidade, e a segurança dos profissionais e pacientes. OBJETIVO: Relatar a experiência da organização funcional de uma Clínica-Escola frente ao contexto da pandemia por COVID-19. METODOLOGIA: Trata-se de um relato de experiência da organização funcional de uma Clínica-Escola do curso de Medicina no município de Caicó- RN vinculado à Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Para retorno às atividades presenciais, em novembro de 2020, o serviço reorganizou os seguintes pontos: protocolos, estrutura interna, oferta de serviços e equipe de profissionais/pacientes. RESULTADOS: A pandemia trouxe a necessidade de repensar a organização funcional das atividades, para permitir o retorno presencial seguro para toda à equipe de profissionais e pacientes. Dessa forma, foram desenvolvidas ações em relação a quatro aspectos. No que tange aos Protocolos, elaborou-se o protocolo de biossegurança do serviço, orientado pelo mesmo documento da instituição, no qual abordava os seguintes pontos, a saber: acesso ao serviço, condutas e responsabilidades dos docentes, discentes, técnicos-administrativos e terceirizados, utilização de EPI’s e limpeza/desinfecção. Em relação à Estrutura Interna, foi reorganizado o layout de todos os ambientes e a estrutura necessária para garantir ventilação adequada, de forma a garantir o distanciamento mínimo recomendado e a renovação do ar ambiente. No que se refere à Oferta de serviços, o funcionamento dos ambulatórios foi planejado para ocorrer atendendo à capacidade instalada conforme protocolo. No que tange à Equipe de profissionais/pacientes, foi reduzido a quantidade de alunos por ambulatório e a quantidade de pacientes agendados, de forma a garantir um atendimento seguro e sem aglomerações. CONCLUSÃO: Os ambientes de ensino precisam estar organizados para adequadamente desenvolver suas atividades e manter a sua equipe de profissionais saudável.