O Prontuário Eletrônico do Paciente (PEP) é um documento, de caráter legal e sigiloso, fundamental para prestação da assistência ao paciente, construído colaborativamente pela equipe multiprofissional de saúde. Diante do contexto apresentado, objetivou-se demonstrar como o prontuário eletrônico pode se tornar ferramenta de gestão na assistência farmacêutica. Assim, este trabalho se apresenta como relevante, uma vez que demonstra a experiência da assistência farmacêutica frente ao gerenciamento do prontuário eletrônico para o cuidado ao paciente com hipertensão e diabetes, tornando eficazes o cuidado e o acompanhamento, como também torna a estratificação de risco a chave do cuidado e diretriz para o segmento do cuidado em todos os âmbitos, tornando a informação fidedigna e com acesso mais rápido, sendo ferramenta importante para o gerenciamento da assistência farmacêutica. O trabalho consiste em relato de experiência sobre o processo de gerenciamento na implantação de um plano de ação em prontuário eletrônico, na assistência farmacêutica, vivenciado pelos profissionais de uma Unidade de Saúde de Atenção Primária à Saúde (UAPS), em Fortaleza, Ceará, Brasil, de agosto/2018 a setembro/2018. O processo de construção das matrizes de indicadores elencados na assistência a pessoas com diabetes e hipertensão, bem como o plano de ação ocorreram a partir de reuniões com os profissionais da UAPS envolvida, com base na Diretriz Clínica do Hipertenso e Diabético, visando melhor entendimento para tornar eficiente o alinhamento das ações a serem traçadas na UAPS e direcionamento para os profissionais assistenciais. Após as discussões com a equipe, possibilitaram-se entendimento/conhecimento e planejamento das ações, estando na busca diária para assistência integral e de qualidade. A partir da experiência vivida, podem-se destacar duas principais etapas vividas no processo de gestão da assistência farmacêutica, tendo o prontuário eletrônico para o desenvolvimento das ações, em unidade de saúde, de Fortaleza – CE, quais sejam: (1) Reorganização da Assistência Farmacêutica no Prontuário Eletrônico; (2) Resultados atingidos. Logo, a atenção farmacêutica deve ser considerada procedimento terapêutico de gestão e clínico, ligado ao serviço de saúde, e não apenas aos setores de administração, materiais e patrimônio farmacêutico.