INTRODUÇÃO: Faltam evidências sobre o perfil da microbioma vaginal de mulheres ciganas e quilombolas. Os estudos existentes se concentraram mias em mulheres em condições sociais mais favorecidas. O câncer cervical é o 4º tipo de câncer mais comum entre as mulheres em todo o mundo. O principal fator associado ao desenvolvimento do câncer cervical é a infecção persistente do Papillomavírus humano(HPV). A estabilidade e composição do microbioma vaginal podem desempenhar um papel importante na determinação da resposta imune inata do hospedeiro e suscetibilidade à infecção. A vaginose bacteriana também está associada ao retardo da eliminação do vírus e da NIC. OBJETIVO: Relacionar atipias do colo uterino e a microbioma cérvicovaginal em mulheres ciganas e quilombolas da cidade Caxias – MA. METODOLOGIA: Estudo transversal realizado com 145 mulheres de 5 áreas quilombolas de Caxias – MA e de 1 área cigana entre 10 a 64 anos.. Realizado uma coleta de Papanicolau que foram processadas no laboratório do banco de tumores e DNA do Maranhão(UFMA)em São Luís – MA. Foi aplicado questionário de 46 questões. A pesquisa foi aprovada em comitê de ética sob CAEE nº 96368518.4.0000.5554. RESULTADOS: A prevalência na amostra de atipias foi de 6,30%(9 casos). A maioria dos casos ocorreu entre 30 e 64 anos com 77,77%(7) casos sendo que, 44,44 destes originaram-se entre os 50 e 64 anos de idade. O HSIL destacou-se na faixa etária entre 50 e 64 anos. Nas mulheres pesquisada com alterações citológicas estavam expressas em (9)casos onde havia uma microbiota vaginal presente/ativa. Assim, a Gardnerella vaginalis e o Trichomonas vaginalis ocorreu em um caso cada (ASC-H). O agente etiológico mais expressivo foi a Candidas sp. presente em 03 casos sendo ACS-US (1) caso e LSIL (02) casos. Houve coinfecção HPV com agentes facilitadores do HPV em 55,55% dos casos. CONCLUSÃO: O estudo nos revelou que os casos de alterações celulares de colo de útero estavam infectados por Gardnerella vaginalis, Trichomonas vaginalis e a Candida albicans. Todos os casos de atipias estavam infectadas por HPV.