Introdução: a sífilis congênita resulta da disseminação hematogênica do Treponema Pallidum da gestante infectada não tratada ou inadequadamente tratada para o feto, por via transplacentária. É um dos grandes desafios para as políticas públicas de saúde, com alta prevalência e morbimortalidade perinatal, apesar de ser uma infecção que pode ser prevenida no período gestacional. Objetivo: comparar os custos com a prevenção e diagnóstico da sífilis gestacional com a internação para o tratamento da sífilis congênita. Método: estudo quantitativo epidemiológico, descritivo, ecológico, de dados secundários (notificações de sífilis gestacional e congênita, entre 2014 a 2018 e registrados no Sistema de Informação de Agravos de Notificação) no Rio Grande do Norte. Utilizou-se as diferenças estatísticas entre os valores gastos (R$) de internamento entre a sífilis gestacional e congênita que foram obtidas, quando paramétricos, por teste t independente e quando rompido pressuposto gaussiano por Mann-Whitney e como medida de qualidade de ajuste do modelo logístico foi utilizado o teste de Hosmer e Lemeshow, no qual p > 0,05. Em relação aos aspectos éticos, a pesquisa foi conduzida de acordo com a Resolução nº 510/16 do Conselho Nacional de Saúde, e como o estudo fez o uso de dados secundários, foi dispensada a análise do Comitê de Ética e Pesquisa. Resultados e Discussão: ao que concerne às internações, apresentou um número médio de 79,2 por sífilis congênita com um valor médio de custos de R$ 4.217 por menor. Conclusão: conclui-se que a transmissão vertical esteve relacionada a perdas de oportunidades diagnósticas e terapêuticas, uma vez que os recursos públicos estão sendo aplicados, com ênfase maior, nos custos com o tratamento do agravo em detrimento na prevenção da doença, por meio da realização do pré-natal de qualidade.