Introdução: A manutenção de uma termorregulação adequada em neonatos ainda é um grande desafio. A susceptibilidade ao desequilíbrio térmico, sobretudo de prematuros, pode levar a distúrbios clínicos graves, culminando em morte. Vários trabalhos demonstram a importância da manutenção da temperatura corporal em recém-nascido (RN), com vistas a prevenção da perda de calor ou ao controle de temperaturas altas, através do reconhecimento de alterações físicas basais e de uma assistência de qualidade, por meio de recursos humanos especializados e avanços técnicos e científicos. Objetivo: Descrever a elaboração de um protocolo assistencial para manejo da hipotermia e hipertermia em RN fundamentado na Teoria das Necessidades Humanas Básicas (NHB) e Taxonomias de Enfermagem. Metodologia: Relato de experiência, de natureza descritiva e qualitativa. O Protocolo foi elaborado seguindo as etapas: identificação das NHB afetadas; identificação dos diagnósticos, resultados e intervenções de enfermagem nas Taxonomias de NANDA-I, NOC e NIC; e seleção dos cuidados de enfermagem baseados em evidências. Resultados: Os principais indicadores clínicos identificados para RN com hipotermia e hipertermia foram: redução / aumento da temperatura corporal abaixo / acima dos parâmetros normais, flutuação da temperatura, pele fria / quente ao toque, cianose de leitos ungueais, pele avermelhada e irritabilidade. Os diagnósticos Hipotermia e Hipertermia de NANDA-I foram selecionados como prioritários. Como resultados mais expressivos de NOC encontramos: Identifica fatores de risco para hipotermia / hipertermia e identifica sinais e sintomas de hipotermia / hipertermia. As intervenções de NIC foram: monitoração de sinais vitais e regulação da temperatura. Dentro das intervenções e com base na prática baseada em evidencias destacam-se atividades de início e manutenção da monitoração de sinais vitais, da cor, temperatura e umidade da pele e orientação aos funcionários e pais no reconhecimento e planejamento de cuidados em resposta as alterações visualizadas. Conclusão: Um acompanhamento sistemático das manifestações do RN junto ao exame físico e base teórica de qualidade, contribuem para o exercício de um controle de temperatura adequado no serviço, resultando em maior sobrevida e melhor prognóstico. A implementação de protocolos com uso de linguagem padronizada da enfermagem facilitam a comunicação, aliando conhecimento prático e científico, resultando em uma assistência de excelência.