O afastamento decorrente de doenças é um problema de saúde pública e gera impactos sociais, organizacionais e individuais. O estudo objetivou analisar o absenteísmo-doença dos servidores estatutários da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, no período de 2015 a 2019. Trata-se de uma pesquisa quantitativa, retrospectiva, documental usando como fonte de dados os registros das licenças para tratamento da própria saúde e dados funcionais dos servidores. Foi realizado análise descritiva e inferencial. Dos 1.646 servidores, 892 (54,2%) se afastaram pelo menos uma vez no período, sendo concedidas 4.402 licenças que resultaram em 46.501 dias de absenteísmo. Estes afastamentos resultaram em uma taxa de absenteísmo-doença média de 1,6% no período, sendo 4,3% para os técnicos administrativos e 2,1% dos docentes. As licenças para tratamento de saúde predominaram em servidores do sexo feminino (57,5%), na faixa etária entre 36 e 45 anos (48,6%), técnicos administrativos (68,5%), com tempo de serviço de 5 a 10 anos (50%). Observou-se associação significativa entre o absenteísmo e as variáveis socioeconômicas sexo feminino (p<0,001), técnicos administrativos (p<0,0001), servidores com menor escolaridade, até o ensino médio (p<0,001), servidores que atuam em unidades administrativas da instituição (p<0,001) e servidores com maior tempo em exercício na instituição, mais de 10 anos (p<0,001). Os grupos de diagnósticos (CID-10) com as maiores prevalências acumuladas de licenças foram os do capítulo de transtornos mentais (29,3%), doenças osteomusculares (15%) e lesões (10%). A análise do perfil epidemiológico dos servidores da instituição, expressa a magnitude do absenteísmo doença no serviço público, necessitando de intervenção por meio de ações de promoção de saúde, segurança e prevenção, integradas às políticas da gestão de pessoas para construção de uma cultura de segurança e qualidade de vida no trabalho priorizando os grupos ocupacionais mais vulneráveis.