A microcefalia é uma anomalia congênita multifatorial caracterizada por alteração no perímetro cefálico. Essas crianças possuem atraso no desenvolvimento neuropsicomotor, comprometimento da visão, audição e déficits cognitivos. As limitações de sua condição de saúde fazem com que a criança necessite de suporte integral dos serviços de saúde e de sua família. A mãe assume para si a responsabilidade do cuidado à sua criança, podendo negligenciar sua saúde e comprometer a qualidade de vida. O objetivo deste estudo é analisar associação entre as características clinicas de crianças com microcefalia e o domínio físico da qualidade de vida de suas mães. Trata-se de um estudo transversal realizado com 105 mães de crianças com microcefalia através da aplicação da Escala de Qualidade de Vida -The World Health Organization Quality of Life – Whoqol-bref e dados de prontuários clínicos de crianças confirmadas com microcefalia associada a infecção congênita por Zika vírus ou sífilis, toxoplasmose, rubéola, citomegalovírus ou herpes simples. Foram realizadas análises descritivas para as características clínicas das crianças e média da qualidade de vida de suas mães, aplicado o teste t de student para a associação entre variáveis clínicas e domínio físico da qualidade de vida, foi considerado p<0,05. Foi corroborado que 62,9% das crianças eram do sexo feminino, 55,2% das mesmas possuíam microcefalia grave. Entre as anormalidades clínicas foi identificado, descalcificações cerebrais (49,5%), hidrocefalia (75,2%), hipoplasia de tronco cerebral, cerebelo e corpo caloso (46,7%), epilepsia (28,6%) disfagia (49,5%) e alterações visuais (27,6%). O domínio físico da qualidade de vida de suas mães foi prejudicado (38,53). Houve associação entre o domínio físico das mães e a variável presença alterações visuais nas crianças com microcefalia (P<0,047). Conclui-se que as características clínicas das crianças com microcefalia influenciam negativamente no domínio físico da qualidade de vida de suas mães, podendo levar a sobrecarga e ao desenvolvimento de distúrbios físicos. A enfermagem tem papel fundamental na criação e implementação de linhas de cuidados específicas para estas mulheres e suas crianças com ênfase na promoção da saúde física e melhora da QV.