A auditoria interna hospitalar tem se revelado como um instrumento de gerenciamento de processos e custos em saúde. Dentro disto esse trabalho tem como objetivo avaliar a contribuição da auditoria interna na gestão de custos de um hospital público do sul do Brasil.Trata-se de um estudo quantitativo, descritivo, retrospectivo, que utilizou dados secundários de prontuários analisados pelo serviço de auditoria interna de um hospital público do sul do Brasil no período de Junho a Dezembro de 2018. No período foram analisados 3.739 dos quais 2.266 (84,4%) apresentavam pendências. Foram identificadas 4.689 pendências, das quais destacamos as 409 (8,72%) relacionadas a falta de assinatura e carimbo do enfermeiro na ficha de classificação de risco e as 110 (2,3%) pendências relacionadas à falta de assinatura do enfermeiro no campo da prescrição de enfermagem relacionado a presença de acompanhante, itens esses relacionados a processo e qualidade do serviço e que interferem na gestão financeira da instituição pois são geradores de custo. Com a falta da assinatura e carimbo do enfermeiro na ficha de classificação de risco, a instituição deixa de receber R$ 7,30 por ficha e com o não preenchimento do campo da prescrição de enfermagem relacionado à presença de acompanhante a instituição deixa de receber R$ 8,00 por prescrição, ou seja, um déficit financeiro de R$ 3.865,00 no período de seis meses. Contudo, as auditorias internas realizadas pela instituição permitiram a correção destas pendências nos prontuários e evitaram a consequente perda do repasse financeiro. Ressalta-se que a identificação das pendências pelo serviço de auditoria interna tem embasado estratégias de educação permanente junto aos colaboradores da instituição, com o fim de reduzir as falhas no processo de trabalho que impactam na qualidade da assistência bem como na gestão da instituição. Conclui-se que o serviço de auditoria interna da instituição em estudo constitui-se em ferramenta importante da gestão de serviços de saúde, que impacta na qualidade da assistência à saúde.