Introdução: A dosagem da Tripsina imunorreativa (IRT) no período neonatal, possibilita a identificação precoce dos pacientes com Fibrose Cística (FC). O diagnóstico realizado num período assintomático e o inicio do tratamento nos primeiros meses de vida favorecem uma melhor qualidade de vida e aumentam a sobrevida desses pacientes. Objetivo: Avaliar o funcionamento do programa de triagem neonatal para FC em Sergipe Metodologia: Estudo descritivo e transversal. Analisados os resultados dos exames de triagem neonatal realizados no período de 01 de janeiro de 2015 a 31 de dezembro de 2018. Os dados foram coletados dos formulários do teste do pezinho e armazenados nos sistemas IMHOTEP, MEDLYNX e SISNEO Para análise das variáveis foi utilizado o Microsoft®Excel Resultados: Foram realizados 112.393 exames no período. Mais de 80% dos nascidos vivos foram avaliados, porém menos de 50 dos recém nascidos triados colheram o exame até 5 dias de vida A média de tempo de chegada do exame ao laboratório foi de 11 dias após a coleta e a média de tempo entre a chegada do exame e a emissão do resultado foi de 4 dias. A primeira amostra da IRT estava alterada em 564 pacientes, desses 44.7% colheram a segunda amostra, 34.4% foram submetidos ao teste do suor (maiores de 30 dias de vida) e 20.9% não concluíram a investigação. As primeiras amostras de IRT alteradas apresentaram 98 de falso positivos e 0 0.003% de falso negativos entre os pacientes que concluíram a investigação A sensibilidade do IRT foi de 75% especificidade 99.5% acurácia de 99 6 e um valor preditivo negativo de 99.9% e positivo de 2%. Foram diagnosticados 8 pacientes com FC e a mediana de idade na primeira consulta foi de 79 dias Foram detectados 3 pacientes com resultado falso negativo da triagem neonatal. Conclusão: O percentual de cobertura da triagem neonatal em Sergipe foi semelhante aos índices nacionais. O teste mostrou uma baixa sensibilidade, boa especificidade e acurácia para afastar a possibilidade da doença. A coleta tardia do IRT, o atraso para a chegada das amostras ao laboratório e as dificuldades para convocação dos pacientes impossibilitaram a conclusão da investigação de muitos recém-nascidos, contribuíram para a realização de um maior quantitativo de testes do suor e atrasaram o diagnóstico e tratamento da FC Os pediatras devem estar atentos aos pacientes com quadro clinico suspeito e IRT normal no período neonatal.