Introdução: Na busca pela melhora da organização dos sistemas de saúde e seus resultados, a Secretaria de Estado da Saúde do Paraná (SESA) implantou, em 2012, o COMSUS, um programa de qualificação da atenção ambulatorial secundária para melhor gestão, qualidade e segurança do cuidado oferecido aos usuários. Objetivo: Apresentar a experiência da organização estadual para Atenção Ambulatorial Especializada (AAE) gerenciada por Consórcios Intermunicipais de Saúde (CIS), a partir do Modelo de Atenção às Condições Crônicas (MACC) implantados por meio do COMSUS. Método: Estudo descritivo da implantação do COMSUS no Paraná, com base em análise documental do COMSUS e do MACC entre 2012 e 2019. Resultados: O COMSUS possui três eixos: 1) investimento em infraestrutura e equipamentos, 2) incentivo financeiro para o custeio das ações e 3) a qualificação do corpo técnico e gerencial. Os CIS representam uma importante estratégia de gerenciamento da AAE. O Paraná conta com 24 CIS que gerenciam ambulatórios especializados, e destes, 22 (92%) CIS aderiram ao COMSUS. Até 2019, 12 (55%) CIS receberam incentivo de investimento para estrutura física e 22 (100%) CIS receberam investimento para aquisição de equipamentos. O incentivo de custeio tem como base a população de abrangência e a capacidade instalada do ambulatório especializado, sendo 40% deste valor fixo e 60% variável. Em 2014 foi realizado curso para os gestores dos CIS posicionando-os nas redes de atenção à saúde prioritárias do Estado, foi introduzido o MACC e as tecnologias de gestão da clínica nos Centros de Especialidades do Paraná (CEP). Os indicadores apontam que a implantação do MACC, inicialmente nos CIS piloto (Maringá e Toledo), contribuiu com a melhoria significativa na estabilização da pressão arterial e hemoglobina glicada dos hipertensos e diabéticos de alto risco atendidos, bem como a redução da mortalidade materna e infantil de crianças menores de um ano de risco intermediário e alto. Conclusão: O COMSUS tem contribuído para a organização da AAE e implantação do MACC, porém para que seja efetivo na integração entre APS e AAE e reorganização das Redes de Atenção à Saúde, observa-se a necessidade de melhoria no seu instrumento de avaliação, revisão do repasse de incentivo financeiro e implantação de um sistema de monitoramento de indicadores de processo e resultado para todas as linhas de cuidado atendidas no MACC, mensurando assim, a efetividade, a eficácia e a eficiência dos serviços.