Introdução: A Toxoplasmose é um agravo à saúde de grande importância epidemiológica, pois estima-se que cerca de um terço da população mundial esteja exposta a doença. Diante disso, surgiu a proposta de pesquisa científica sobre a soropositividade e os fatores associados à sua incidência. Nesse contexto, tornou-se relevante o apontamento das dificuldades encontradas durante a coleta de dados em determinadas Unidades Básicas do município de Foz do Iguaçu. Objetivo: Evidenciar os empecilhos encontrados durante a pesquisa tornando os mesmos questões a serem discutidas em meio acadêmico a fim de atenuar tais dificuldades. Metodologia: Trata-se de um relato de experiência sobre a pesquisa intitulada por “Prevalência de Toxoplasma gondii em gestantes Cadastradas nas Unidades de Saúde dos distritos Sanitários Nordeste e Leste de Foz do Iguaçu”, sendo categorizado como estudo transversal de caráter quantitativo com dados coletados por meio da ficha de pré-natal, durante o período compreendido entre os meses de janeiro e dezembro de 2017. No decorrer da pesquisa, foram vivenciados alguns problemas mostrando a importância de se relatá-los, para que em pesquisas futuras, os mesmos sejam minimizados. Resultados: Os principais problemas observados foram: deficiência na organização das fichas; falha no preenchimento dos dados o que refletiu na falha do preenchimento eliminando uma quantidade considerável de dados; incompreensão sobre a importância da pesquisa científica por parte do responsável pela Unidade Básica de Saúde (UBS). Em algumas UBS a pesquisa foi prejudicada pela inexistência de fichas de pré-natal. Além disso, mesmo com a apresentação da assinatura do termo de consentimento da pesquisa da atual coordenadora da ABS do município, algumas unidades ainda negaram a realização da coleta. Assim, a pesquisa evidenciou a falta de compreensão do responsável pela ABS quanto a importância de pesquisas científicas, uma vez que se observou a limitação à coleta de dados sem motivos concretos. Conclusão: Nesse contexto, a pesquisa científica ainda enfrenta obstáculos para sua realização, diante da falta de reconhecimento de sua importância e pela falha na organização de documentos e de seu preenchimento.