A resistência a antibióticos carreada por micro-organismos é uma preocupação relacionada à saúde pública, principalmente em hospitais e centros de saúde. O gênero Enterococcus é associado à microbiota intestinal de mamíferos e aves, possuindo uma grande variedade de plasmídeos que são envolvidos na transferência de genes de resistência a antimicrobianos. S. nigritus possui uma dieta onívora e é rotineiramente atraído por pessoas, o que acabam oferecendo alimentação errônea. A estreita relação evolutiva dos primatas com os seres humanos fazem estes animais desenvolverem sinais clínicos semelhantes quando infectados por patógenos específicos. Por esse motivo, torna-se importante o estudo de bactérias constituintes da microbiota destes animais. O trabalho teve como objetivo avaliar a presença de genes e resistência antimicrobiana de Enterococcus spp. em amostras fecais de primatas da espécie S. nigritus cujo habitat encontra-se próximo (SSC) e distante (SCS) a hospital, no estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Um total de 10 swabs (SSC=5; SCS=5) de cavidades retais de S. nigritus foram coletados. As espécies bacterianas isoladas foram identificadas utilizando a técnica de MALDI-TOF. Estas foram testadas frente a 12 antimicrobianos através do método disco difusão. Foi avaliada a presença de genes que conferem resistência a tetraciclina [tet(M), tet(L) e tet(S)] e eritromicina [msrC e erm(B)]. Noventa e sete isolados foram identificados como gênero Enterococcus. Destes, 52 (53,6%) oriundos de amostras de SSC e 45 (46,4%) SCS. E. faecalis foi a espécie mais prevalente dentre as amostras (n = 67; 69%), seguido de E. hirae (n = 20; 20,6%). As amostras SSC apresentaram os maiores números de isolados resistentes aos antibióticos eritromicina (28,8%), nitrofurantoína (11,5%), rifampicina (75%) e tetracilcina (38,5%), com exceção a ciprofloxacina, que apresentou maior resistência nas amostras de SCS (26,7%). Somente as amostras SSC apresentaram os genes de resistência msrC, tetM e tetL. A proximidade ao ambiente hospitalar apresentada pela origem das amostras, somada a excreção e incompleta metabolização de antibióticos por humanos e animais é uma das principais fontes de disseminação de resistência antibacteriana.