Introdução: Os protocolos de enfermagem são instrumentos que contribuem na qualidade da atenção à saúde, de modo que auxiliam na redução da variabilidade de condutas entre os profissionais envolvidos na assistência; na produção de maior segurança ao usuário e ao profissional; elaboração de indicadores de processos e resultados e uso racional de recursos. A enfermagem realiza atividades que precisam ser fundamentadas cientificamente e atualizadas de forma contínua. Levando isso em consideração, a realidade da atenção à saúde no sistema penitenciário e a Política Nacional de Atenção Integral à Saúde das Pessoas Privadas de Liberdade no Sistema Prisional (PNAISP), buscou-se garantir o acesso dos encarcerados ao cuidado integral no Sistema Único de Saúde (SUS). Objetivo: Este trabalho tem como objetivo relatar a experiência de uma equipe de enfermagem na construção de um protocolo assistencial em uma unidade de saúde do sistema penitenciário federal brasileiro. Metodologia: Trata-se de um Relato de Experiência da elaboração de um protocolo de enfermagem durante a atenção à saúde às pessoas em reclusão, no período de agosto de 2018 a abril de 2019. Resultados: Diante das particularidades que envolvem a atenção à saúde dessas pessoas, foi identificada a necessidade da construção de protocolos clínicos específicos e pertinentes ao cenário. O material foi feito com base nas evidências científicas e no contexto local. Foram elencadas as queixas mais frequentes, dentre elas cefaleia, febre, otalgia, distúrbios gastrointestinais, afecções do trato respiratório, alterações dermatológicas e cardiovasculares. Os achados foram relacionados a possíveis fatores desencadeantes e foram formuladas condutas de enfermagem. O instrumento foi apresentado em plenária do conselho profissional da região, recebeu aprovação e foi notável para melhoria da qualidade da atenção à saúde. Conclusão: A utilização do protocolo ajudou na identificação de morbidades e na escolha do tratamento mais adequado. A uniformização e a sistematização do cuidado foram fundamentais para a segurança e autonomia da enfermagem em seu exercício profissional, assim como contribuíram para a integralidade no cuidado às pessoas privadas de liberdade.