Introdução: A doença de Chagas (DC) é uma das principais causas de morbimortalidade nas Américas, com uma prevalência estimada de seis a sete milhões de pessoas infectadas em todo mundo. No Brasil, com a melhora nos controles vetoriais e dos bancos de sangue, a transmissão congênita da doença de Chagas vem assumindo papel epidemiológico importante. A triagem neonatal, também conhecida como teste do pezinho, é considerada uma boa estratégia para identificação da transmissão vertical em saúde pública. Considerando a importância epidemiológica da doença de Chagas em Sergipe, especificamente na região Sul, e a escassez de dados nessa temática, delineou-se o presente estudo. Objetivo: Estimar a prevalência da doença de Chagas congênita entre os recém-nascidos da região Sul do Estado de Sergipe, por meio do Programa Nacional de Triagem Neonatal (PNTN). Metodologia: Trata-se de um estudo transversal. O material de estudo foi constituído por 3952 amostras de sangue, em papel filtro, de neonatos triados pelo Programa de Triagem neonatal de Sergipe (PNTN/SE) no período de julho de 2015 a julho de 2016. Dessas amostras, 203 foram consideradas inadequadas e 3749 foram submetidas ao teste ELISA IgG, o qual diagnosticou a presença de duas amostras positivas. Vinte por cento daquelas com resultado negativo foram submetidas ao teste de Imunofluorescência Indireta, quantitativo que, em número absoluto, totalizou setecentos e cinquenta amostras, sendo considerado a Imunofluorescência o segundo teste. Uma puérpera apresentou-se positiva para DC nos testes confirmatórios, porém o filho apresentou-se negativo para a doença. Os dados foram tabulados e analisados por meio do programa Epi info 7.1.4. Resultados: Não foi identificado recém-nascido com doença de Chagas congênita na Região Sul. Foi encontrada uma puérpera com a doença, cuja prevalência foi de 0,02%. Conclusão: Não foi encontrada a DCC em recém-nascidos na Região Sul de Sergipe. Porém, a infecção da DC encontrada em uma mulher em idade reprodutiva alerta para a necessidade de estratégias de detecção e de tratamento precoces como políticas de saúde pública para prevenção e controle da doença. A detecção da DC por meio do Programa Nacional de Triagem Neonatal mostrou ser uma eficiente estratégia, a qual poderia ser custeada pelo Sistema Único de Saúde (SUS) e incluída nos exames de pré-natal e de rastreamento de recém-nascidos em áreas endêmicas para a doença.