Introdução: Anomalia Congênita (AC) é todo transtorno estrutural, funcional ou metabólico no desenvolvimento fetal, decorrentes de fatores ocasionados antes do nascimento podendo se manifestar ao longo da vida. Estão em segundo lugar entre as causas de mortalidade infantil e contribuem para impactos sociais. É imprescindível sua identificação, diagnóstico e notificação. Objetivo: descrever as AC encontradas em recém-nascidos (RNs) e as variáveis maternas nos estados brasileiros da Região Nordeste (NE) no período de 2002 a 2012. Metodologia: estudo ecológico, agregado, exploratório com abordagem quantitativa de uma dissertação de mestrado, obtidos a partir do banco de dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC). Não necessitando de aprovação do Comitê de ética por ser dados secundários do Departamento de Informática do SUS. Resultados: no total, a Região Nordeste apresentou 5,72 de RNs com AC para cada 1.000 nascidos-vivos. Os nascimentos segundo a variável idade materna foram mais comuns em mães com idade entre 20 a 24 anos com 15.948 RNs; o estado civil das mães dos RNs eram mulheres solteiras totalizando 32.617; a escolaridade materna 8 a 11 anos de estudos com 21.450 nascidos vivos; quanto às consultas do pré-natal as mães realizaram de 4 a 6 consultas, sendo 23.809 RNs e a idade gestacional prevaleceu a de 37 a 41 semanas de gestação com 42.796 bebês. A AC mais frequente nesse período prevaleceu as malformações do sistema osteomuscular com 28,13% dos casos. Conclusão: para melhorias nesse índice, uma atenção integral e de qualidade à saúde materna infantil desde o período pré-natal se faz necessária. Assim como, uma maior ênfase de prevenção aos possíveis agentes causadores das AC em todas as assistências à saúde. A identificação de microrregiões com alta prioridade de intervenção poderá permitir aos gestores regionais programar políticas de saúde.