Introdução: A microcefalia não é considerada uma patologia nova. Geralmente, a malformação congênita é associada a diferentes origens. Pode estar interligada ao uso de substâncias químicas durante a gravidez, como também ao uso de drogas, contaminação por radiação e infecção por agentes biológicos, como bactérias, vírus e radiação. Todavia, ainda não existe uma explicação para o aumento dos casos no Brasil (PORTAL BRASIL, 2015). Foram objetivos desta pesquisa, analisar o número de casos e a incidência de microcefalia no ano de 2015 e comparar com os casos e a incidência até julho do ano 2016 na região Norte e Nordeste do Brasil. Metodologia: Trata-se de um estudo quantitativo-descritivo transversal de análise cruzada, realizado com a Região Norte e Nordeste do Brasil no período de 2015 até o dia 16 de julho de 2016, período escolhido por corresponder a admissão de notificações do Ministério da Saúde dos casos por meio do boletim epidemiológico até a semana epidemiológica 28 do ano de 2016. Foram analisados 16 estados, das regiões Norte e Nordeste. Os dados foram coletados de base exclusivamente secundária através do sítio do Ministério da Saúde. Resultados: Nas regiões Norte e Nordeste foram contabilizados 336 e 6.184 casos respectivamente, a região Nordeste apresentou o maior índice entres as regiões tendo um percentual de 76% em comparação a região Sudeste. O estado do Pernambuco apresentou o maior número de casos 2.061, desses 513 permanecem em investigação, 371 confirmados e 1.177 descartados, o Amapá apresentou o menor número 12 casos notificados, 1 permanece em investigação, 7 casos confirmados e 4 descartados. Quanto aos casos confirmados de microcefalia e alteração no SNC, a região Nordeste apresenta um percentual alarmante em comparação às outras regiões, um índice de 91% (121 casos) em comparação a região Sudeste, e 96% (50 casos) a região Norte. Na região Norte o estado do Tocantins apresentou os maiores índices em relação à quantidade de municípios com casos notificados 55 (39,6%), e 11 (7,9%) casos confirmados dos 139 municípios do estado. Conclusão: Diante do aumento dos casos notificados de microcefalia no país, é importante aprofundarmos o conhecimento sobre a doença, principalmente voltada para a gestação e suas consequências neonatais, para que possamos delinear ações para prevenir a infecção, acompanhar o pré-natal das gestantes, bem como para a promoção da saúde da mãe e do Recém Nascido com microcefalia.