Introdução: As infecções do trato reprodutivo causadas pelas doenças sexualmente transmissíveis (DST) impactam negativamente a saúde reprodutiva, e suas consequências são maiores nas mulheres em comparação com os homens. Objetivo: Descrever o perfil citológico e microbiológico das amostras cérvico-vaginais das mulheres da zona rural que realizaram o exame de rastreio do câncer do colo do útero no município de Coari/AM. Metodologia: Trata-se de um estudo transversal realizado com 412 amostras de mulheres da área rural do município de Coari, no período de agosto de 2014 a fevereiro de 2015, cuja amostra foi obtida nas unidades básicas de saúde do referido município. Após assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido e aplicação do questionário epidemiológico, as amostras cervicais foram coletadas utilizando o kit de coleta de citologia em meio líquido (BD SurePathTM, Burlington, NC, EUA). A preparação e coloração de lâminas foram realizadas em equipamento semi automatizado BD Prepmate e PrepStain. Para as variáveis categóricas, foi utilizada a frequência absoluta e relativa e para as variáveis numéricas utilizou-se a média ± ds utilizando o programa SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) 16.0 for Windows. Resultados: A adequabilidade do material celular foi classificada como satisfatória com um percentual de 100%. Os epitélios representados foram identificados no laudo dos exames como escamoso, glandular e/ou metaplásico. Os epitélios escamoso e glandular foram os mais representados nas amostras citopatológicas (81,8%), seguido pelo escamoso, glandular e metaplásico (16,4%). Os agentes microbiológicos mais frequentes no colo uterino foram: Lactobacillussp(72,7%) seguindo de Gardnerella/Mobilluncus (25,4%). Dentre as alterações celulares benignas (reativas ou reparativas), a inflamação foi o achado mais frequente (65,4%). Conclusão: Os exames realizados na população estudada puderam contribuir para a análise dos aspectos citológicos e microbiológicos do material cérvico-vaginal permitindo o reconhecimento dos agentes causais de vaginites, que são as infecções mais comuns do trato reprodutivo em mulheres sexualmente ativas.