Introdução: A auditoria na perspectiva da saúde incorpora a avaliação da qualidade das ações de promoção, prevenção e assistência visando, especialmente, a redução das iniquidades, a garantia do direito ao acesso e a eficiência das ações e serviços. Diante da amplitude de um sistema único e universal de saúde faz-se necessário a incorporação de estratégias para melhoria do sistema, sendo a auditoria uma das ferramentas utilizada para a melhoria do sistema. Objetivo: Analisar os relatórios de auditoria do programa Farmácia Popular do Brasil do município de Fortaleza no período de 2010 a 2014. Metodologia: Trata-se de estudo documental e retrospectivo. O levantamento do material selecionado foi por meio eletrônico, no Mistério da Saúde/ Secretária de Gestão Estratégica e Participativa/ Departamento Nacional de Auditoria do Sistema Único de Saúde. Utilizaram-se os seguintes critérios de inclusão: ser um relatório de atividade de auditoria; ter sido realizada no município de Fortaleza-CE; ter como foco o Programa de Farmácia Popular do Brasil; ter sido realizada no período de 2010 a 2014. Assim, teve-se um total de sete relatórios, a saber: Auditoria Nº 10727; Auditoria Nº 11357; Auditoria Nº 11358; Auditoria Nº 11527; Auditoria Nº 12401; Auditoria Nº 12406 e Auditoria Nº 12912. Os aspectos éticos na pesquisa foram respeitados em todas as etapas, de acordo com as exigências estabelecidas na Resolução 466/12 do Conselho Nacional de Saúde. Resultados: Os resultados foram divididos em dois momento a saber: o primeiro, a caracterização da auditoria, abordou-se o órgão executor e a localidade, a finalidade da auditoria, as fases e a data de execução, o demandante, bem como a forma e o objeto da auditoria. Já o segundo momento, as constatações das auditorias, nesse item foi abordado às identificações, constatações/ evidência, conformidade e acatamento. Os dois momentos foram analisados por relatórios de auditoria separadamente. Considerando as irregularidades apresentada nos relatórios de auditoria analisados, recomendou-se o ressarcimento ao Ministério da Saúde. Conclusão: Concluiu-se mediante as evidencias analisadas, que diante dos fatos apresentados, ainda é insipiente o conhecimento das leis/ decretos/ portarias vigentes por parte de muitos gestores. Faz-se necessário desenvolvimento d e estratégias na socialização destes junto aos gestores de forma compartilhada, a capacitação dos gestores e da equipe por meio dos órgãos superiores da saúde.