Introdução: O emprego de metodologias ativas vem a reafirmar a formação superior na saúde, de forma interativa, lúdica, baseada no diálogo, na construção de saberes e na transformação social. A experiência vivenciada no curso de Especialização em Educação na Saúde para Preceptores do SUS é uma reflexão crítica acerca da Educação na Saúde, em especial das práticas de preceptoria em saúde, voltadas ao Sistema Único de Saúde (SUS). Objetivo: Compreender a importância das metodologias ativas na educação na saúde, em especial na preceptoria, a partir de uma educação problematizadora, tendo como foco uma formação significativa multiprofissional, incluindo a enfermagem. Metodologia: O presente estudo origina-se de um relato de experiência vivenciado por discentes do curso de Especialização em Educação na Saúde para Preceptores do SUS, do Instituto Sírio Libanês de Ensino e Pesquisa, no período compreendido de abril de 2012 a agosto de 2013, desenvolvido por meio de metodologias ativas de ensino-aprendizagem, inspirada na pedagogia problematizadora de Paulo Freire; Resultados: Reflexão críticas dos profissionais da saúde, discentes do curso, acerca da prática da educação na saúde; aprimoramento da formação superior em saúde por meio do projeto aplicativo realizado pelos discentes, segundo inspiração freireana; envolvimento ativo dos participantes; Fomentação dos educandos em desenvolver práticas pedagógicas inovadoras na saúde; Vivência de aprendizagem lúdica, construtiva e crítica acerca das práticas educativas em saúde no Sistema Único de Saúde. Conclusão: As metodologias ativas vem a somar e fomentar reflexões teóricas e praticas na docência superior em saúde, a fim de construir um ensino-aprendizagem voltada a formação crítica, reflexiva que propicie um perfil de profissional autônomo, criativo, capaz de intervir na resolução dos problemas, na construção de sua cidadania.