O termo Triagem Neonatal (TN) designa testes aplicados no período neonatal para detecção de doenças assintomáticas, quando a intervenção previne sequelas graves. O presente trabalho propõe-se a analizar o desempenho do Serviço de Referência em Triagem Neonatal (SRTN) para o hipotireoidisomo congênito e fenilcetonúria no município de Caicó-RN. Utilizando-se dados secundários do SRTN de Caicó, com todos os exames realizados no período de janeiro à dezembro de 2010. Tendo como amostra todos os recém-nascidos que realizaram o teste de triagem na rede de coleta pública de Caicó no período de 2010. A cobertura do programa foi calculada pela razão do número de recém-nascidos que realizaram o teste dividido pelo número de nascidos no período estudado multiplicado por cem. Foram realizados, pelo SRTN de Caicó, no ano de 2010, 580 testes de triagem. Segundo o Sistema de Informações do Nascidos Vivos, em Caicó, foram registrados 743 nascidos no ano de 2010. Calculou- se, a partir desses dados, uma cobertura populacional referente ao teste de triagem de 78,06% em 2010. Os Programas de TN têm como metas primordiais a cobertura universal e a urgência no diagnóstico e tratamento dos casos afetados. O PTN de Caicó mostrou, em 2010, dificuldades quanto a cobertura preconizada em 100%. Ainda que, a falta de dados do setor privado impeça estimativas precisas. Trabalhos semelhantes têm sugerido que a cobertura populacional total é muitas vezes dificultada por problemas socioeconômicos e culturais, falta de informações da importância do teste de triagem neonatal e dificuldade dos pais – principalmente os que moram em zonas rurais – de acesso aos postos de coleta para a realização dos exames. É importante o estabelecimento de uma estratégia para sensibilização, informação e mobilização dos profissionais envolvidos em todo o processo de triagem neonatal, por meio de um programa de educação continuada, visando permitir a uniformização dos procedimentos técnicos e maior conscientização dos papéis desempenhados por eles. Conclui-se uqe são necessárias algumas melhorias no serviço através do estabelecimento de estratégias que agilizem algumas de suas etapas, sendo necessários estudos mais aprofundados sobre as características do serviço e sobre fatores que possam influenciar seu funcionamento.